Foota's Software Library

GaussianやAMBERなどの量子化学計算・分子動力学計算のデータファイル等を読み込んで、その構造をOpenGLを使用して表示・解析を行うソフトウェアパッケージです。多くの分子計算ソフトウェアの入力・出力フォーマットをサポートしており、分子構造の表示、最適化やIRC計算の過程におけるアニメーション、構造の印刷、ビットマップへの出力、原子間距離や角度の表示などの機能を備えています。分子構造に関する多くのフォーマットを扱えるので、量子化学計算や分子動力学計算などの計算技術の違いを意識せずに、シームレスにデータの解析を行えます。

注意: 本ソフトウェアを使用した際のいかなる不具合およびそれにより発生した損害等に対して作者は責任を負いません。

nfutil [ダウンロード][マニュアル(PDF)][使用例(PDF)] (version 1.12)

分子動力学計算および分子軌道法計算のためのコマンドラインユーティリティプログラムです。

PDB, MOL2, Amber (RST, CRD, TOP, PREP), Gaussian (COM, LOG)の構造データおよび内部座標系・デカルト座標系の相互変換や、原子間距離・角度・二面角の測定、溶媒の切り出し、AmberのPREPデータユーティリティ、ペプチド結合のコンフォメーション解析等をコマンドラインで行うことができます。

Windows, Linux (x86, IA64, x86_64), SunOS, SUPER-UX (SX-7)に対応しています。

nfutilコマンドの使用方法

 使い方:
  nfutil [-hv] [-f file] analyzer-name [options...]

 オプション:
  -h ヘルプ表示
  -v バージョン表示
  -f file パラメータファイルの設定 [nfutil_parm.dat]

 解析ユーティリティ名のリスト (analyzer-name)
  getdun   指定した原子の距離・角度・二面角を計算する。
  midmol   分子の中心を計算し、最も離れた原子および最も近い原子を求める。
  getsolv  任意の位置から指定した半径内の溶媒のみ取り出す。
  convert  複数の分子構造のフォーマットを相互に変換する。
  nextstep 振動解析からIRC計算の初期構造を決定する。
  ircdist  IRC計算で得られた各構造間のIRC距離を求める。
  prepfit  PREP情報をPDBデータ中のターゲットに適合させる。
  pbsaprep PREP情報からMM/PBSA用パラメータを作成する。
  conf     ペプチド結合のコンフォメーション情報を得る。
  charge   分子全体の電荷を求める。

ダウンロード

Windows 2000/XP/Me Visual Studio .Net 2003 (C++) / Windows XP Professional
Linux (x86) Intel C++ compiler 9.0 / Fedora Core 3 (2.6)
Linux (IA64) GCC3 / RedHat Linux (2.4)
Linux (x86_64) GCC3 / RedHat Linux (2.6)
SunOS (SPARC) GCC3 / SunOS (5.9)
SUPER-UX (SX-7) NEC C++ / SUPER-UX (14.1)

注意: 本ソフトウェアを使用した際のいかなる不具合およびそれにより発生した損害等に対して作者は責任を負いません。

vnf [ダウンロード][マニュアル(PDF)][使用例(PDF)] (非公開)

nfutilのすべての機能を含んだ分子表示ソフトウェアです。nfutilで対応しているファイルフォーマットはすべて表示可能で、AmberのCRDファイルやGaussianのLOGファイルからアニメーションを作成することができます。また、最小二乗法によるフィッティング機能を備えており、全体もしくは指定した原子(番号や原子名で指定可能)についてフィッティングを行うことができます。さらに、任意の原子を表示することができるので、活性構造がどのように変化しているのか簡単に確認できます。

標準規格に対応したC++コンパイラ、OpenGLライブラリ(glutを含む)を搭載した環境(Windows, Linux等)でコンパイル/ビルドが可能です。

(A) Rasタンパク質の全体構造:
水滴中でのRasタンパク質MDシミュレーションによる構造。Amber TOPもしくはPDBファイルと、Amber CRDファイルから表示できる。アニメーションも可能。

(B) MDシミュレーション中のRasタンパク質内のGTPをアニメーション表示:
シミュレーション構造(A)からGTP分子のみのアニメーション表示を行った。タンパク質の主鎖構造に対して最小二乗法によるフィッティングを適用している。

(C) Rasタンパク質の主鎖およびGTPをアニメーション表示:
シミュレーション構造(A)からRasタンパク質の主鎖とGTP分子のアニメーション表示を行った。主鎖は"N,CA,C"で、GTP分子は原子の番号"2620-2663"として指定した。

行列計算テンプレートクラス [詳細][ソースファイル] (version 0.43)

C++言語のテンプレート機能を使った行列計算テンプレートクラスです。QR法を使用した高速な対角化やLU分解による逆行列の生成などがあります。使用を希望する方は二木までご連絡ください。

WinSockクラスライブラリ NFSocket [詳細][C++][H] (version 0.10)

WinSockを扱うためのC++言語のクラスライブラリです。ベースクラスをNFSocketクラスとして設計しており、HTTPを処理するための派生クラスHttpSocketクラスなどが扱えます。現在、公開しているファイルは開発中のバージョンです。

花嵐 [詳細][掲載情報] (version 0.24)

花嵐は、古くから遊ばれている花札遊び「八八」のルールをベースに、緊迫感が加わるようなアレンジを施しました。不利な状況からでも、相手の思考を読むことで、ダイナミックに逆転することも可能です。

知略戦 [詳細][掲載情報] (version 0.41)

知略戦は、10x10マスのフィールド内で敵の攻撃を巧みに避け、敵の基地を爆撃して全滅させることを目的としたゲームです。

追跡者 [詳細][掲載情報] (version 0.08) 公開を停止中

追跡者は、赤、緑、青、黄の4種の色をコンピュータの指示した通りに追跡するというゲームです。正しく追跡するごとに指示される数が増えていきます。単純ですが、記憶力が要求されます。

花嵐と知略戦についてのダウンロードや詳細は、Vector作者データから参照してください。尚、花嵐については、現在、新バージョンを作成中です。

自作ソフトウェアライブラリ

FXMOL [詳細][ダウンロード][更新履歴] (評価版: version 0.31)